João Cosme é docente da Faculdade de Letras de Lisboa onde, no curso de História, leciona no curso de licenciatura História dos Descobrimentos e da Expansão Portuguesa e na Pós–Graduação (mestrado e doutoramento): Os Portugueses em Marrocos (séculos XV-XVIII).
Todo o seu percurso académico foi feito Universidade de Lisboa, onde se licenciou, concluiu o mestrado, e prestou provas de doutoramento e agregação.

No que se refere à História dos Portugueses em Marrocos é autor de vários artigos:

• Colaborou na Dicionário de História dos Descobrimentos (Círculo de Leitores, 1994) dirigido pelo Prof. Doutor Luís de Albuquerque, com o seguinte artigo: Vol. I: – pp. 41-42: ALCÁCER QUIBIR, Batalha de
• «Movimentos migratórios para Tânger», in Amar e Viver a História. Estudos de Homenagem a Joaquim Veríssimo Serrão, Lisboa, Edições Colibri, 1995, pp. 515-539.
• «Marrocos (1886-1894) visto através da correspondência da Legação portuguesa em Tânger» in Marrocos, España y Portugal (1880-1996). Hacia nuevos espacios de diálogo, Serie Coloquios y Seminarios, nº 82, Publicaciones de la Facultad de Letras y  Ciencias Humanas, Rabat, 1999, pp. 269-319, coordenador Mohammed Salhi.
• «Mazagão em 1677», in Arquipélago – História. Revista da Universidade dos Açores, 2ª Série, vol. VII, Ponta Delgada, 2003, pp. 79-98.
• «Tratado de paz entre Portugal e o reino de Fez –Arzila – 8 de Maio de 1538)», in Arquipélago. História, 2ª série, vol. XIV-XV (2010-2011).
• «Marrocos e o Mediterrâneo na 2ª metade do século XVIII», in Portugal e o Magrebe. Actas do 4º Colóquio de História Luso-Marroquina, CHAM/CITCEM, Lisboa/Braga, 2011, pp. 323-334.
• «A tomada de Ceuta em 1415: um acto de marketing polìtico», in A cinquista de Ceuta. Conselho Regio de Torres Vedras, Turres Veteras – XVII, Edições Colibri/Câmara Municipal de Torres Vedras, 2015, pp. 103-113.

Livros:

• A Guarnição de Safim em 1511, Editora Caleidoscópio/Centro de História da Universidade de Lisboa, Lisboa, 2004, 221 páginas.